Surveillance des eaux usées

À propos de la surveillance des eaux usées

Le programme de surveillance des eaux usées du GTNO est le fruit d’un partenariat entre le ministère de la Santé et des Services sociaux (MSSS), le Laboratoire environnemental Taïga, le ministère des Affaires municipales et communautaires (MAMC) et les collectivités des TNO. Des échantillons d’eaux usées sont prélevés de façon hebdomadaire dans les collectivités participantes afin d’effectuer des tests de détection des virus respiratoires, notamment la COVID-19, l’influenza (grippe) et le virus respiratoire syncytial (VRS). Les collectivités peuvent choisir d’adhérer au programme à leur gré.

Comprendre la surveillance des virus dans les eaux usées

  • Les personnes qui présentent des infections virales (COVID-19, grippe ou VRS) peuvent excréter des particules de virus dans leurs selles, même si elles se sentent bien.

  • Les particules de virus sont transportées des toilettes vers le réseau d’égouts.

  • Des échantillons d’eaux usées sont prélevés dans le réseau d’égouts avant traitement et envoyés au Laboratoire environnemental Taïga, à Yellowknife.

  • Le laboratoire analyse les échantillons pour vérifier la présence de différents virus, et leur quantité.

  • Le Bureau de l’administratrice en chef de la santé publique (BACSP) et les partenaires de la santé publique utilisent ces données, ainsi que d’autres informations, afin de comprendre l’évolution des maladies dans les collectivités et prendre des décisions pour prévenir leur propagation.

Avantages de la surveillance des virus dans les eaux usées

  • Une telle surveillance aide à repérer la présence de la COVID-19, de l’influenza A et B et du VRS dans une collectivité.

  • Il s’agit d’un système d’alerte précoce qui indique toute augmentation ou diminution du nombre d’infections.

  • Cette surveillance aide les autorités de la santé publique à prendre des décisions éclairées, par exemple en ce qui concerne les conseils sur la prévention des infections, les tests et les options de vaccination.

Limites de la surveillance des virus dans les eaux usées

  • Une telle surveillance ce permet pas de prouver qu’une collectivité est exempte de toute infection. Parfois, la faible quantité de virus dans les eaux usées le rend indétectable.  

  • Il est impossible d’estimer le nombre de personnes présentant une infection dans une collectivité. Les eaux usées permettent de dessiner des tendances, mais pas de donner de chiffres précis sur la population malade.

  • Il est impossible de comparer de manière fiable les évolutions entre les collectivités en raison de divers facteurs jouant sur la solidité de l’échantillon, tels que les changements dans les eaux souterraines (notamment la fonte des neiges), la température, la méthode de collecte et d’autres substances (nettoyants ou désinfectants, par exemple). 

Interprétation des données sur les virus dans les eaux usées

  • Détection de virus : chaque échantillon est examiné pour vérifier la présence ou l’absence du virus. S’il y a détection, cela signifie que le virus a été trouvé dans l’échantillon.

  • Concentration du virus : la quantité de virus dans l’échantillon, aussi appelée la charge virale, permet d’indiquer si les taux d’infection augmentent ou diminuent. Les rapports créés présentent une moyenne mobile sur 7 jours pour atténuer les fluctuations à court terme des données. 

  • Niveaux de charge virale : la charge virale moyenne au cours de la période visée par le rapport est comparée aux données de l’année précédente et classée comme élevée, modérée, faible ou non détectée. Le rapport signale lorsqu’il n’y a pas assez de données pour certaines collectivités. 

Il convient de faire preuve de prudence lors de l’interprétation des variations quotidiennes et à court terme des charges virales, car la présence de virus dans les eaux usées peut changer d’un jour à l’autre. Des augmentations ou des diminutions de la charge virale sur des périodes plus prolongées permettent de dégager des tendances avec plus de fiabilité. 

Remarques relatives aux données :

  • Les résultats qualitatifs (détection/non-détection) sont déterminés à l’aide du système GeneXpert de Cepheid, un test PCR qui détecte le matériel génétique des virus dans les eaux usées.

  • Les résultats quantitatifs (charge virale) sont calculés après conversion des valeurs de cycle seuil (Ct) de GeneXpert en valeurs de charge virale, à l’aide des méthodes du Laboratoire national de microbiologie du Canada.

Références

  1. Hizon N, Mejia E, Hannah E, Gregorchuck BSJ, Medina N, Becker MG, Mangat CS. GeneXpert Wastewater Surveillance. Archives sur GitHub. https://github.com/Wastewater-Surveillance/GeneXpert_WW
  2. Daigle J, Racher K, Hazenberg J, Yeoman A, Hannah H, Duong D, Mohammed U, Spreitzer D, Gregorchuk BSJ, Head BM, Meyers AFA, Sandstrom PA, Nichani A, Brooks JI, Mulvey MR, Mangat CS, Becker MG. A Sensitive and Rapid Wastewater Test for SARS-COV-2 and Its Use for the Early Detection of a Cluster of Cases in a Remote Community. Applied and Environmental Microbiology. 2022. 8 mars. https://doi.org/10.1128/aem.01740-21